サンフアン郡（英: San Juan County）は、アメリカ合衆国ワシントン州の北西隅、に位置する郡である。2010年国勢調査での人口は15,769人である。郡庁所在地は（人口2,162人）であり、郡内では最大かつ唯一の法人化自治体である。サンフアン諸島の大半の島で構成されており、郡名もこの中のサンフアン島にちなんで採用された。サンフアン島は1791年にスペイン人探検家フランシスコ・デ・エリザが洗礼者ヨハネ（サン・フアン・バウティスタ）に因んで名付けたものとされている。ワシントン州の39郡の中では陸の面積が最も小さい郡であり、州道が通っていないことでは唯一の郡である。 サンフアン郡は1873年10月31日にワットコム郡から分離設立された。サンフアン諸島は1846年から1872年まで続いたイギリスとアメリカ合衆国の間の領土紛争の対象となった所であり、1859年にはピッグ戦争が起こった。
