抗酸菌（こうさんきん、英: Acid-fast bacillus）は、実験室における特定の染色工程において、塩酸酸性アルコールで脱色されない細菌の総称。狭義ではマイコバクテリウム属を指す。 塩酸酸性アルコールで脱色をしようとしても、この菌は色素を保持するという抵抗性を示すことから、この名が付けられた。 マイコバクテリウム以外にも染色性の意味での抗酸染色を示す細菌が存在しており、抗酸染色を示すのはマイコバクテリウム属のほか、ノカルディア属、コリネバクテリウム属、アクチノミセス属、ロドコッカス属などがあり、これらの細菌はチール・ネールゼン染色によって赤く染まる（チール・ネールゼン染色は石炭酸フクシンで赤く染色後、他の色素を塩酸アルコールで脱色する）。広義ではこれらを含む。 一方で、狭義・慣習的には、マイコバクテリウムだけを抗酸菌と言うことも多い。
