旗奉行（はたぶぎょう）とは、江戸幕府や諸藩における役職の1つ。 備内で馬印・旗印・幟旗とそれらを扱う足軽を指揮し、備の位置を内外に知らしめると同時に武威を誇示した。戦闘には参加しないが、旗が乱れるとその備が浮足立って見えるのでその役割は重要であった。また本陣備の場合、総大将が全体指揮に専念するため、代わりの指揮官（武者奉行等）を置く場合があったが、旗奉行が本陣備の進路を決める等指揮を執ることもあった。
