長崎市恐竜博物館（ながさきしきょうりゅうはくぶつかん、英: Nagasaki City Dinosaur Museum）は、長崎県長崎市野母町の野母崎総合運動公園内にある、恐竜を主たるテーマとした自然史博物館。月曜日が休館。 日本国内では、福井県立恐竜博物館（福井県勝山市）、御船町恐竜博物館（熊本県上益城郡御船町）に続いて3か所目の恐竜博物館である。 長崎とオランダは江戸時代から縁があり、長崎市とオランダライデン市は姉妹都市であるという縁から、ライデンのナチュラリス生物多様性センターと提携している。本博物館では重要人物として横山又次郎を取り上げている。
