龍谷大学生物多様性科学研究センターの鄭琬萱博士、三木健教授、山中裕樹教授らの国際共同研究グループは、「生態系の壊れにくさ＝生態系レジリエンス」という新たな定義による環境評価の手法を開発した。
微生物は、有害物質の無毒化・植物への栄養供給・カーボンサイクルの維持などを担い、地球上のありとあらゆる環境で生態系の土台となっている。そこで、環境中に存在する細菌グループを最新の環境DNA技術を用いて特定し、独自の絶滅シミュレーションモデルによって、細菌叢から生物多様性が失われていく過程で生態系機能がどれだけ維持されうるかを予測することで、生態系の壊れにくさ（生態系レジリエンス）を診断・評価する手法を提案した。
水域が対象ならば一杯の水を、陸域が対象ならば一掴みの土を採取し、そのなかの細菌叢の構成種を特定したら、次に構成種の特徴に応じて絶滅しやすさを設定する。生態系シミュレーションの結果から、生物多様性の喪失とともに細菌叢が担う生態系機能が劣化していく道筋を評価し、生態系の劣化レベル（生態系の壊れにくさの大小）をもとに定量的に生態系の健全性を診断しようという試みである。
例えば、琵琶湖周辺にこの手法を適用した場合、同程度の種の絶滅が起きても、それによって生じうる生態系劣化の程度は、琵琶湖とその流入河川で大きく異なることがわかった。流入河川に比べて琵琶湖が最も生態系が壊れやすい（＝生態系レジリエンスが低い）との診断結果を得たとしている。
本手法は、自然環境のみならず、農地や都市などさまざまな環境にも応用できる。生態系レジリエンスの長期モニタリングのほか、生物多様性保全区域・自然共生サイトの選定、土地開発時の環境影響評価などにも活用が期待される。
